忍術学園最大の特徴は、学年を縦断して組織される「委員会活動」にあります。上級生が委員長を務め、下級生を指導・統率するこの仕組みこそが、忍たまキャラ相関図まとめを語る上で欠かせない人間ドラマの土台です。忍たま委員会所属一覧を整理すると、単なる課外活動にとどまらない過酷な業務分担が見えてきます。
学園の金庫番である「会計委員会」は、潮江文次郎を筆頭に田村三木ヱ門、神崎左門、富松作兵衛、加藤団蔵、任暁左吉が所属。1文の無駄金も許さない潮江のスパルタ指導に下級生が耐え忍ぶ構図が日常です。対する「作法委員会」は立花仙蔵が率い、綾部喜八郎や笹山兵太夫、黒門伝七らが首実検（討ち取った首の検分作法）という本格的な忍者の儀礼を学びます。
さらに「図書委員会」は中在家長次と不破雷蔵、「用具委員会」は食満留三郎と平滝夜叉丸が牽引。最も波乱を呼ぶのが「保健委員会」です。善法寺伊作が委員長を務め、乱太郎や鶴町伏木蔵らが所属しますが、事故に巻き込まれる確率が異常に高い「不運の巣窟」として描かれます。そして七松小平太が率いる「体育委員会」は、平滝夜叉丸（※作法から体育への異動等の変遷あり）や次屋三之助らを巻き込み、体力勝負の無茶振りが繰り広げられます。この委員会制度が、学年差を越えた師弟愛や理不尽な縦社会のリアルを生み出しています。
