高校進学後の最大の関心事となる進路実績において、高砂南高校は手堅い成果を残しています。卒業生の約7〜8割が4年制大学へ進学し、短大・専門学校への進学が1〜2割、就職はごくわずかという進学重視の構成です。
高砂南高校の進学実績（大学）における具体的な特徴として、近畿圏の難関・中堅私立大学への合格者数が挙げられます。関西大学や関西学院大学、同志社大学、立命館大学のいわゆる「関関同立」に対して毎年合格者を輩出しているほか、甲南大学、近畿大学、京都産業大学、龍谷大学の「産近甲龍」グループには多数の合格実績があります。また、兵庫県立大学などの国公立大学にも、上位数％の生徒が毎年挑戦して合格を勝ち取っています。
さらに注目すべきは、高砂南高校が保有する指定校推薦の枠です。長年にわたる真面目な校風と大学側との信頼関係により、関西圏の有力私立大学からの指定校枠を豊富に持っています。評定平均を高校1年次から計画的に維持し、校内選考をパスして早期に進路を確定させる生徒も少なくありません。一般入試の過酷な競争を避け、高校生活の部活動と両立させながら私立大学進学を狙いたい生徒にとって、この推薦枠の手厚さは極めて大きな強みです。
