高峰温泉の真骨頂は、恵まれた自家源泉の泉質とその入浴法にあります。湧出する温泉は含硫黄-カルシウム・ナトリウム-硫酸塩温泉（硫化水素型）で、ほのかな硫黄臭と優しい湯触りが特徴です。創傷、動脈硬化、高血圧症、慢性皮膚病への効能が期待できるほか、館内では貴重な「飲泉」も許可されており、胃腸機能の活性化や痛風・糖尿病予防に効果的とされています。
館内および敷地内には趣の異なる風呂が用意されています。
1. 雲上の野天風呂（宿泊者専用）
宿から木道を歩いて数分の小高い丘の上に設置された、まさに天空の露天風呂です。湯船からは高峯山や北アルプスの峰々、眼下に広がる雲海を一望できます。脱衣所も簡素な木造りで、自然と一体になる感覚をダイレクトに味わえます。
2. ランプの湯（名物の源泉交互浴）
創業者ゆかりのランプが灯る内湯には、加温された適温の浴槽（約41℃）と、約35.6℃の自家源泉そのままの冷鉱泉浴槽が並んで配置されています。温かい湯で身体を芯まで温めた後、体温に近いぬるめの源泉にじっくり浸かる「温冷交互浴」を繰り返すことで、自律神経が整い、深いリラクゼーションと血流促進効果が得られます。
3. 高峰の湯（展望内湯）
木曽ヒノキの香りが漂う展望風呂で、大きな窓から大パノラマを眺めながらゆったりと湯浴みを楽しめます。
