圓教寺は霊場巡礼の拠点として、非常に多様な御朱印を授与していることでも知られています。摩尼殿では西国第二十七番の本尊「如意輪観音」や「摩尼殿」の墨書が受けられるほか、食堂では「大講堂(釈迦如来)」や『ラストサムライ』ゆかりの不動明王など、複数の御朱印が用意されています。切り絵仕様の季節限定御朱印や、花まつり・特別開扉に合わせた限定台紙はコレクターからも高く評価されています。
そして、書写山が一年で最も華やぐ季節が秋です。例年11月中旬から下旬にかけて開催される「書写山もみじまつり」では、紅葉の夜間ライトアップが実施されます。重要文化財である摩尼殿や三之堂が闇夜に浮かび上がり、深紅のカエデと歴史的建造物が織りなす幻想的な光景は息を呑む美しさです。ライトアップ期間中はロープウェイの夜間特別運行も行われるため、防寒対策を整えて訪れるのがおすすめです。