イモリは皮膚から水中の酸素や微量物質を吸収するため、水質の悪化や化学物質に対して非常に敏感だ。エサの食べ残しや排泄物によって水が汚れると、皮膚病や感染症を引き起こしやすくなる。ここで重要になるのが「水槽用フィルター」の選定と運用のテクニックだ。
初心者からプロまで幅広く愛用されているのが、ジェックス株式会社（GEX）などが展開する水槽用フィルターである。特に水深が浅いアクアテラリウム環境では、低水温・低水深でも作動する水中モーター式フィルターや、コーナー設置型の小型フィルターが威力を発揮する。
ただし、一つ大きな注意点がある。イモリは強い水流を極端に嫌うという点だ。本来、穏やかな溜め池や渓流のワンド（静水域）に生息しているため、水流が強すぎると体力を消耗して衰弱してしまう。吐出口を壁面に向けたり、流木や石に当てて水流を分散させたり、ウィローモスの群生に水を通すなどして、水槽内に「水が停滞しつつもろ過が効いている静かなエリア」を作り出す工夫が求められる。
