ねずみ男のプロフィールを紐解くと、奇妙かつ人間臭い設定が随所に散りばめられています。作中で明かされた本名は「根頭見 ペケペケ（ねずみ ぺけぺけ）」。この「ペケペケ」という言葉は、作者の水木しげる氏が従軍したパプアニューギニア・ラバウルの現地語（トク・ピシン）で「糞（排泄物）」を意味しており、名前にすら強烈なシニシズムが込められています。
彼の正体は純粋な妖怪ではなく、人間と妖怪の間に生まれた「半妖怪」です。妖怪としての特殊能力（強烈な悪臭を放つ屁や口臭、針のように硬いヒゲ）を持ちながらも、人間の持つ醜い欲望や弱さをそのまま抱え込んでいます。
公称プロフィールにおける主な設定値は以下の通りです。
- 年齢：自称360歳（江戸時代初期の生まれとされるが、作品によって変動あり）
- 身長：約160cm
- 体重：約49kg
- 異名：「ビビビのねずみ男」「怪人ねずみ男」「現代のトリックスター」
- 清潔度：生まれてから一度も風呂に入ったことがなく、着ている黄色い法衣（初期は薄汚れた白）も洗濯したことがない
半妖怪であるという出自は、彼が妖怪族からも人間社会からも完全に受け入れられない「永遠の部外者」であることを示唆しています。その孤独が、彼の斜に構えた生き方の根源にあることは間違いありません。
