多くのメリットがある一方で、摂取するにあたって絶対に避けるべき注意点も存在する。第一に、1歳未満の乳幼児には絶対に蜂蜜を与えてはならない。腸内細菌叢が未発達な乳児が摂取すると、乳児ボツリヌス症を引き起こす危険性があるからだ。
また、農林水産省が発信する食生活のバランスに関するガイドラインでも示されている通り、いくら身体に良いからといって過剰な糖質摂取は禁物である。1日2〜3杯程度を目安とし、持病のある方やカロリー制限を行っている場合は全体のバランスを考慮して楽しむことが安全な活用の第一歩となる。