二郎巡礼において最もトラブルになりやすいのが「列の並び方」と「食券購入のタイミング」です。新宿歌舞伎町店ではトラブル防止のため、明快なオペレーションが敷かれています。
店頭の並び方は、店舗入口から大久保公園側に向かって壁沿いに並ぶのが基本ルールです。歩行者や近隣店舗の動線を塞がないよう、スタッフからの誘導があれば速やかに従いましょう。食券は「列が先頭に近づき、店内に入るタイミング」または「スタッフから案内されたタイミング」で購入します。並ぶ前にフライングで食券を買う必要はありません。
店内に入ると自動券売機があり、現金（千円札・硬貨）を用意して購入します。店内には待合用のベンチ（背後霊シート）が用意されており、5〜6名ほどが店内で座って待機できます。前の客が退席し、店員から「〇番の席へどうぞ」と声がかかったら、給水機で水とレンゲを取り、カウンター席へと移動します。
