付属系列校を選択する上で最大の関心事となるのが、大学への接続システムです。公式発表資料および進路指導方針によると、明治学院大学 内部進学 基準は極めて明確に制度化されています。高校3年間の評定平均値、実力テストの成績、英語資格試験（英検準2級〜2級以上推奨）の取得状況、そして日常の出席・生活態度などを総合した「校内基準点」を満たすことで、希望者は原則として系列の各学部へ推薦されます。
一方で、東村山高校の大きな特色は「全員が大学へそのまま流れるわけではない」という点にあります。学年の約4割から5割強が明治学院大学へ進学する傍ら、残りの約半数は国公立大学や難関私立大学への一般受験、あるいは指定校推薦枠を活用して外部へ羽ばたきます。
進路指導部が公開する近年の明治学院東村山高校 進学実績 指定校推薦のデータによると、早稲田大学、慶應義塾大学、上智大学、東京理科大学といった難関私大をはじめ、学習院・明治・青山学院・立教・中央・法政（GMARCH）や津田塾大学、東京女子大学などの名門枠が多数用意されています。国公立大学への合格者も毎年のように輩出しており、「明治学院大学への推薦権を一定の条件下で保持しながら他大学にチャレンジできる制度（※年度ごとの規定による）」の存在が、生徒の学力伸長を後押しするセーフティネットとして機能しています。
