フォッサマグナミュージアムを訪れる旅行者の多くが楽しみにしているのが、海岸での石拾いと博物館での鑑定を組み合わせたフィールドワーク体験です。糸魚川の海岸線（ヒスイ海岸・押上海岸・須沢海岸など）は、日本海へ注ぐ姫川から流れ出た鉱物が打ち上げられる世界でも稀有なスポットとして知られています。
海岸で気になる石を拾い集めたら、博物館へ持ち込んで学芸員に鑑定を依頼できます。かつては個数無制限だった鑑定も、現在は公平性と混雑緩和のため「1人1日5個まで」「整理券制または所定受付枠」という運用ルールが定められています。現地取材や利用者データから導き出した、スムーズな実践ステップは次の通りです。
午前中の早い時間帯にヒスイ海岸を散策し、波打ち際で白く角ばった緻密な石や、緑の結晶が混ざる石を探索します。その後、車で約10〜15分のフォッサマグナミュージアムへ移動し、エントランスで鑑定受付を行います。土日祝日や連休期間は鑑定枠が午前中で上限に達することもあるため、到着直後の受付手続きが欠かせません。
鑑定では専門の学芸員がルーペや比重、光の透過性を確かめながら「これは斜長岩」「これは石英」「惜しい、ヒスイに似たロディン岩」と即座に判別してくれます。仮に本物のヒスイでなくとも、石の正確な名称と成り立ちを記載した鑑定シートを貰えるため、持ち帰った石が一生の知的な旅の記念品になります。
また、博物館裏手の美山公園内にある「化石の谷」では、本格的な化石発掘体験が開催されています。約3億年前（古生代石炭紀〜ペルム紀）の石灰岩をタガネとハンマーで割り、フズリナやウミユリ、サンゴ、腕足類などの本物の化石を探索します。保護メガネと工具の貸出があり、安全講習を受けた上で作業を行うため、小学生から大人まで夢中で岩石と向き合える大人気のプログラムです。
