問題の発覚以降、メディアの追及は苛烈を極めた。連日のようにカメラが詰めかけ、科学的検証の枠を超えた人格攻撃や過度なスキャンダル報道が繰り広げられた。笹井氏は記者会見で真摯に説明を試みたものの、世論の猛反発を抑えることはできなかった。
この未曾有の事態に対し、科学調査報道・ドキュメンタリーの手法を用いた徹底的な検証が行われた。その象徴となったのが、NHKスペシャル「STAP細胞 不正の深層」である。現在もNHKオンデマンドなどで視聴可能なこの記録は、巨大な研究組織が成果を急ぐあまり、チェック機能をいかに麻痺させていたかを冷徹に描き出した。
科学の真理を追究する場であるはずの研究所が、PR戦略や予算獲得の競争に巻き込まれていく危うさ。精神的に極限まで追い詰められた笹井氏は、同年8月、自ら命を絶つという最悪の結末を迎える。希代の頭脳の唐突な喪失は、世界中の科学者に深い絶望と衝撃を与えた。
