「神経を抜いたのだからもう痛みは感じないはず」と思い込んでいる方は非常に多いですが、実はこれは大きな誤解です。歯そのものの感覚（象牙質や歯髄の感覚）は消失していても、歯の根の周囲には「歯根膜（しこんまく）」と呼ばれるクッションのような組織が存在しています。
治療した歯がズキズキ痛む原因の多くは、この歯根膜に炎症が波及する「歯根膜炎」によるものです。歯の根の治療（根管治療）を行った際、器具による刺激や消毒薬の圧力、あるいは取りきれなかった微細な細菌が根の先端から漏れ出すことで、歯根膜が強い炎症を起こします。これが、歯の神経を抜いたのに痛む真相です。
また、神経を残した状態で虫歯を削って詰め物をした場合でも、削ったときの摩擦熱や薬品の刺激により、一時的に歯髄（神経）が過敏状態に陥ることがあります。この場合、冷たいものや温かいものがしみるだけでなく、脈打つような自発痛が生じることがあります。
