チェーンストークス呼吸の治療方針は、「疾患の治療段階にあるのか」それとも「終末期の緩和ケア段階にあるのか」によって完全に二分されます。
積極的治療期（慢性心不全・脳血管障害のリハビリ期など）：
心不全の原疾患治療が最優先されます。薬物療法（ACE阻害薬、ARB、β遮断薬、SGLT2阻害薬など）による心機能の改善を図るとともに、中枢性睡眠時無呼吸に対しては「ASV（適応補助換気）」や「CPAP（持続陽圧呼吸療法）」などの陽圧換気療法が用いられます。夜間の換気を安定させることで、心臓への負担を劇的に減らし、生命予後を改善させます。
終末期・緩和ケア期：
終末期においては、機械的な換気装置や無理な酸素マスクの装着は患者の自由を奪い、不快感（ディスコムフォート）を増大させる要因になります。酸素投与（カニューレによる低流量酸素）は、低酸素血症による明らかな苦悶様表情がある場合に限定して使用を検討します。また、呼吸困難感の兆候が見られる場合には、呼吸中枢の興奮を鎮めて呼吸困難を和らげる医療用麻薬（モルヒネなどのオピオイド）の微量投与が選択肢となります。
