番組を語る上で欠かせないのが、1998年度にスタートした音楽コーナー「MTK（ミュージックてれびくん）」と、番組全体を彩った歴代テーマソングの存在です。洋楽・邦楽の超一流コンポーザーやプロデューサーが楽曲提供・編曲を手がけ、単なる子どものお遊戯にとどまらない極めて高い音楽性を誇っていました。
初期の代表曲「8cm」（ウエンツ瑛士ほか）や、カーペンターズの名曲をスタイリッシュにカバーした「恋のギルティー」、山崎邦正がプロデュースした「走れ！GO!GO!」など、当時のJ-POPシーンの最前線を取り入れたトラックが次々と誕生しました。中西圭三が手がけた「極楽はどこだ」や、子どもたちの等身大の友情を歌った「誕生日のうた」は、今なお世代を超えてカラオケやプレイリストで愛聴され続けています。
また、テーマソングにおいてもタケカワユキヒデが手がけた初代オープニング曲「タイムマシーンでいこう」から、種ともこによる叙情的なエンディング「がんばって、気がはれて」、さらにはモンゴル800のキヨサクやサカナクションの山口一郎らが関わった近年の楽曲に至るまで、常に「子どもの耳に本物の音楽を届ける」という一貫した哲学が貫かれていました。
