十三機関の表向きの目的は、「人の心のキングダムハーツ」を完成させ、心を持たない自分たちが完全な存在（人間）へと回帰することでした。構成員はみな、強靭な心の持ち主がハートレス化した際に抜け殻として生じるノーバディの頂点に君臨する者たちです。感情を持たず、過去の記憶の残滓に従って「感情があるかのように振る舞っているだけ」と教え込まれていた彼らは、ただ心を取り戻したいという生存本能に近い渇望に駆り立てられていました。
しかし、『キングダム ハーツ 3D［ドリーム ドロップ ディスタンス］』において、初代リーダーであるゼムナス（およびその本体であるマスター・ゼアノート）の真の目的が白日の下に晒されます。心を得るという目標は構成員を統制するための欺瞞であり、真の企みは「マスター・ゼアノートの心を13の肉体に分かつことで、13の闇の器を作り出すこと」でした。光の守護者7人と闇の探求者13人を激突させ、伝説のキーブレード戦争を再現し、真の「キングダムハーツ」を出現させることがマスター・ゼアノートの究極の野望だったのです。
さらに衝撃的だったのは、「ノーバディには時間の経過とともに再び心が芽生える」という自然の摂理でした。ゼムナスはこの事実を知りながら、部下たちが自我や絆に目覚めて計画に狂いが生じないよう、徹底して「お前たちに心はない」と洗脳し続けていました。この冷酷な支配構造こそが、後にロクサス、アクセル、シオンたちの悲劇的な離反を招く直接的な火種となったのです。
