東大島文化センターの予約手続きは、管理主体である公益財団法人江東区文化コミュニティ財団が運用する「こうとう施設予約システム」を通じて行います。窓口へ直接赴くことなくインターネット上で空き状況照会や仮予約が完結しますが、スムーズに枠を確保するためには予約の流れとスケジュールの把握が不可欠です。
予約は大きく分けて「利用登録」「抽選申込み」「随時先着予約」「利用料支払い・本承認」の4ステップで進行します。
ステップ1：利用者登録
事前にシステムへの団体・個人登録が必要です。江東区内在住・在勤・在学者が構成員の大半を占める「区内登録団体」と、それ以外の「区外団体・個人」で区分されます。身分証等の確認を経て登録カードが発行されます。
ステップ2：抽選申込み（利用月の前々月など）
区内登録団体は、利用希望月より前の指定期間（例：ホール系施設は利用月の数ヶ月前、会議室等は前々月1日〜10日など）に毎月の抽選へ申し込めます。1団体あたりの申込可能コマ数には上限が設けられており、公正な抽選処理が行われます。
ステップ3：空き状況照会と随時先着予約
抽選結果の確定後、当選者が確定しなかった枠やキャンセルが出た枠について、インターネット予約システム上で一般開放されます。区外利用者や追加でコマを押さえたい団体は、毎月の随時予約開始日の開始時刻（通常午前9時）に合わせてシステムから先着順で予約を入れます。土日祝日の人気枠は開始直後に埋まる傾向があります。
ステップ4：利用料金の支払いと承認書の取得
ネット上で仮予約を入れた後、定められた期日までにオンライン決済（クレジットカード決済等）または文化センター各館の窓口で利用料金を支払います。期日を過ぎると自動キャンセル扱いとなるため十分な注意が必要です。
施設の開館時間は午前9:00から午後21:00までとなっており、毎月第2・第4月曜日（祝日に重なる場合は開館し、翌平日が休館）および年末年始（12月29日〜1月3日）が定期休館日に指定されています。休館日は窓口受付も停止するため、支払い期日や問い合わせのタイミングをあらかじめカレンダーで確認しておく必要があります。
