美容面や健康面の観点から除去を希望する場合、ほくろの大きさ、深さ、盛り上がり度合いに応じて最適な治療法が選択されます。現在主流となっている施術法と特徴は次の通りです。
1. 炭酸ガス（CO2）レーザー治療 / エルビウムヤグレーザー
直径数ミリ以下の平らなほくろや、軽度の盛り上がりに対して用いられます。水分に反応するレーザーでほくろ組織を蒸散させる手法で、出血がほとんどなく傷跡が目立ちにくいのが特徴です。
2. くり抜き法（電気メス・パンチ）
盛り上がりのある数ミリ程度のほくろに適した方法です。根元組織までくり抜いて除去し、傷口は自然治癒（軟膏処置）を待ちます。
3. 切開縫合法
直径6ミリ以上の大きなほくろや、深部まで細胞が存在する場合に選択されます。メスで紡錘形に切除して縫合するため、線状の傷跡が残りますが再発率は最も低くなります。
費用に関しては、審美目的の自費診療の場合、レーザー治療で1個あたり約5,000円〜20,000円（サイズに応じた従量制）が相場です。一方、皮膚科での保険適用が認められるのは、「悪性の疑いがあり病理組織検査を行う場合」や、「ひげ剃りで頻繁に出血する、視野や食事に物理的障害がある」といった機能的支障が認められるケースに限られます。保険適用（3割負担）の場合、手術費用は1箇所あたり約5,000円〜10,000円程度（初診料・病理検査代別）となります。
