読者から最も多く寄せられる疑問が、「外国の血が入っていないのに、なぜ色素が薄くなるのか」という点です。結論から言えば、目の色が珍しいハーフ以外の日本人が存在する背景には、歴史的な集団遺伝学と偶発的な遺伝子発現という2つの明確な理由が存在します。
第1の要因は、日本列島における先住集団と渡来集団の混血の歴史です。人類学的な調査や地域ごとの観察データによると、東北地方（日本海側）や九州南部の一部地域において、古くから茶色や緑がかった瞳を持つ家系が散見されます。日照時間が短い地域への適応や、かつて日本列島に定住していた縄文人由来の形質的多様性が、数世代を経て特定の家系内で顕在化することが分かっています。何世代にもわたって外国人との交配がない家系であっても、潜在的な遺伝的素因が合致することで、日本人で生まれつき茶色い目を持つ子どもが誕生するのです。
第2の要因は、メラニン沈着をコントロールする遺伝子の微細な塩基配列の差異です。日本人の琥珀色の目の真相を解き明かす鍵は、フェオメラニンの残存比率にあります。ユーメラニンが極端に少なく、フェオメラニンが適度に含まれると、光を浴びた際に黄色や金褐色に乱反射し、まるで宝石のアンバーのような瞳が現れます。これは決して病気や異常ではなく、肌の色や髪の太さに個人差があるのと全く同じ、人体の健全なグラデーションの範疇に過ぎません。
