日本薬科大学を語る上で欠かせないのが、性格の全く異なる2つのキャンパス展開です。大学本部が置かれる埼玉県伊奈町の「さいたまキャンパス」と、東京都文京区湯島に位置する「お茶の水キャンパス」は、それぞれ明確な役割分担を持っています。
広大な敷地と専門研究を誇る「さいたまキャンパス」は、6年制の薬学科が主に使用する教育拠点です。敷地内には本格的な日本庭園や薬用植物園、日本最大級の漢方資料館が整備されており、東洋医学と西洋医学を融合させた「統合医療」の実践的な研究環境が整っています。また、施設規模の大きさを活かした課外活動も盛んで、同大学OBの戸口翔太郎選手が第20回アジア競技大会（2026年愛知・名古屋）のクレー射撃競技において日本代表（TEAM JAPAN）に選出されるなど、スポーツ・文化面でも確かな足跡を残しています。
一方、都心の医療特区に位置する「お茶の水キャンパス」は、4年制の医療ビジネス薬科学科を中心とした都市型拠点です。順天堂大学医学部附属順天堂医院や東京医科歯科大学病院（現・東京科学大学病院）といった高度医療機関が林立する湯島エリアにあり、製薬企業のオフィスや医療IT企業へのアクセスが抜群です。ここでは従来の調剤薬局勤務に囚われない、ヘルスケアビジネスパーソンや創薬データサイエンティスト、高校理科教員の養成講座など、時代に即した実学教育が展開されています。
