ノミに刺された直後はほとんど自覚症状がなく、半日から翌日になってから激しい痒みと炎症が爆発するケースが目立ちます。これには人体のアレルギー反応が深く関わっています。
ノミが吸血する際、血液の凝固を防ぐために唾液物質を皮膚内に注入します。この唾液成分に対して免疫細胞が過剰反応を起こすことで、ヒスタミンや炎症性サイトカインが大量に放出されます。ノミ刺咬症は主に「遅延型アレルギー反応（IV型アレルギー）」を呈するため、刺されてから24時間から48時間後に痒みと腫れのピークが訪れます。
皮膚組織が強い炎症を起こすと、表皮と真皮の境界部分に組織液が溜まり、中央に硬いしこりや透明な水ぶくれ（水疱）を形成します。この水ぶくれを不用意に掻き壊してしまうと、真皮層の毛細血管や基底膜が破壊され、メラノサイトが刺激されてメラニン色素が過剰生成されます。これが「炎症後色素沈着（PIH）」による黒ずみ・茶色いシミの正体です。
通常、軽度の虫刺されであれば1〜2週間で赤みが引きますが、掻き壊して色素沈着を起こしたノミの跡は、肌のターンオーバーを経ても完全消失までに6ヶ月から2年以上の期間を要することが珍しくありません。跡を残さないためには、いかに早い段階で炎症の火消しを行えるかが勝負となります。
