妙立寺を訪れる上で最も重要な鉄則が、事前予約の徹底です。文化財保護および安全管理の観点から、自由拝観は一切認められておらず、専属ガイドが案内するグループツアー形式でのみ内部見学が可能です。
予約は原則として「電話予約（拝観希望日の3か月前から受付）」のみ対応しています。Web予約システムは導入されておらず、電話口で希望日時・人数・代表者連絡先を伝えて予約番号を取得するアナログな運用が続いています。春の大型連休や秋の行楽シーズン、連休中は電話回線が混み合い、数週間前から満席となるケースも珍しくありません。
気になる「当日予約」の可否ですが、当日にキャンセルが出た場合や定員に空き枠がある場合に限り、電話または現地受付での当日案内が受け入れられます。しかし、観光ピーク時は朝一番で全枠が埋まるため、飛び込みでの拝観は断られるリスクが極めて高くなります。金沢旅行の日程が決まった段階で、最優先で電話予約を完了させておくのが鉄則です。
また、ファミリー層が見落としがちなのが子供の年齢制限です。妙立寺では、急勾配の階段や狭小通路での転落事故防止、静寂な拝観環境維持のため、「未就学児（乳幼児〜保育園・幼稚園児）の拝観は不可」と定められています。小学生以上からの受け入れとなるため、小さな子ども連れの旅行プランを組む際は注意が必要です。
