JR新快速の唯一の弱点として挙げられるのが、車内の混雑度です。日中の時間帯であっても、滋賀方面からの乗客、京都観光を終えた旅行客、大型スーツケースを抱えたインバウンドが集中し、京都駅のホーム乗車位置には長い列が形成されます。
現場での観察調査によると、京都駅から乗車する場合、新快速の自由席で確実に座れる確率は時間帯によって大きく変動します。平日の日中（11時〜15時）で座れる確率は約40%、朝夕の通勤ラッシュ時や休日の夕方便ではほぼ100%立ち客が出る混雑状況となります。
この混雑を回避して快適に移動したい場合、以下の2つのアプローチが実用的です。
- 快速・普通列車の選択：新快速の数分後に出発する快速（高槻まで各駅停車）を利用すれば、京都駅時点で空席が目立ち、約80%以上の確率で着席可能です。所要時間は約38〜45分と10分程度延びますが、車内で落ち着いて過ごしたい方には堅実な裏ワザとなります。
- 新快速の有料座席指定サービス「Aシート」：9号車に連結されているAシートは、リクライニングシートと電源コンセント、無料Wi-Fiを備えた指定席です。乗車券にプラスして指定席券（チケットレスなら600円〜840円程度）を支払うことで、混雑を完全に回避できます。
- 在来線特急（サンダーバード・はるか等）の利用：北陸新幹線延伸後も京都〜大阪間を走る特急サンダーバードや関西空港行きの特急はるかは、京都〜大阪間でも全席指定で乗車可能です。J-WESTチケットレス等を利用すれば追加600円前後で確保でき、静粛な空間でパソコン作業や休息を取りたいビジネス客に重宝されています。
