シリーズ展開が進む中で、初心者が最も混乱しやすいのが「GOシリーズ」や「アレスの天秤/オリオンの刻印」との世界観の違いです。これらは地続きの未来、あるいは歴史が枝分かれしたパラレルワールドという明確な設定差が存在します。
『イナズマイレブンGO』は、無印の世界大会優勝から10年後が舞台となる正統続編です。主人公は松風天馬へとバトンタッチし、円堂守は雷門中の監督として登場します。サッカーが「フィフスセクター」と呼ばれる組織に管理され、勝敗までもが事前に指示されるという暗黒の管理社会に立ち向かうディストピア的なテーマ性が導入されました。ゲーム・戦闘面でも「化身」「化身アームド」「ミキシマックス」といった、個人のオーラを実体化させる超能力バトル的要素が劇的に強化された点が無印との最大の違いです。
一方、『イナズマイレブン アレスの天秤』および『オリオンの刻印』は、無印第1期のフットボールフロンティア編直後から分岐したパラレルワールド(平行世界)を描いています。最大の相違点は「エイリア学園(宇宙人)が襲来しなかった世界線」であることです。その結果、吉良ヒロトが生存していたり、吹雪士郎の弟・アツヤが生きて共にピッチに立っていたりと、無印では悲劇的な運命を辿ったキャラクターたちが異なる人生を歩んでいます。