目の変化に続いて疑惑を決定的なものにしたのが、2014年1月の名門ACミラン入団時に確認された首元の手術痕です。入団会見やその後の練習風景、試合中の映像において、本田氏の喉仏の下あたりに横一文字の鮮明な切開跡が捉えられました。
この傷跡は、医学界で「頸部襟状切開創（けいぶえりじょうせっかいそう）」と呼ばれるもので、甲状腺疾患に対する外科手術で用いられる典型的な切開パターンと一致します。この決定的なビジュアルにより、単なる体調不良ではなく、甲状腺に関する重大な治療が行われたという見方が確実視されました。
当時、大手週刊誌『週刊文春』をはじめとする複数のメディアが医療関係者への徹底取材を実施。「本田選手は甲状腺の病気（バセドウ病など）を患い、極秘裏に手術を受けた」と大々的に報じました。ロシアのCSKAモスクワ時代終盤、体調不良による欠場が続いていた時期と手術のタイミングが重なっていたことも、この報道の信憑性を強く裏付けました。
