駅前の一等地という立地ゆえに、namco秋葉原店の混雑状況は時間帯や曜日によって大きく変動します。特に週末や祝日の午後はフロア内が大変な賑わいを見せ、人気のエレベーターやエスカレーター前に行列ができることも珍しくありません。
混雑のピークは土日祝日の13:00～18:00です。特に話題のアニメ作品の「一番くじ発売日」や「namco限定プライズ投入日」の午前中は、混雑緩和のために整理券配布や入場制限が実施されるケースがあります。限定グッズを確実に手に入れたい場合は、公式X（旧Twitter）等で当日の配布ルールを事前に確認しておくのが鉄則です。
比較的ゆったりと店内を見て回りたいのであれば、平日のオープン直後（10:00～12:00）または夜間（20:00以降）の来店がおすすめです。平日の日中であれば、ガシャポンや一番くじも並ばずに落ち着いて吟味できます。
