ソラシドエアのフライトは、ANA便名（ANA37xx便など）としてANA公式サイトや旅行代理店経由で航空券を購入するケースが極めて多く見られます。この共同運航便を利用する際、予約経路によって当日の搭乗手続き手順が異なる点に注意が必要です。
ANA便名で予約・購入した場合、基本的にはANAの「オンラインチェックイン」システムが適用されます。搭乗24時間前からANAアプリや案内メールからチェックインを行い、取得したANAの2次元バーコード（搭乗券）をそのまま保安検査場および搭乗口のリーダーにかざして通過します。
空港の自動チェックイン機を利用して紙の搭乗券を発券する場合や、座席指定の変更、手荷物の預け入れを行う場合は、第2ターミナル2階の「ソラシドエアカウンター（2番カウンター）」またはANAの自動機を利用します。運航会社はソラシドエアであるため、機内サービスや手荷物の受託基準（普通席20kgまで無料など）はソラシドエアの運航ルールが適用されます。
一方、ソラシドエアの公式サイトや自社運賃で購入した場合は、ソラシドエアの予約確認番号やQRコードを使用します。ANAの予約番号とは体系が異なるため、空港の自動チェックイン機や保安検査場でエラーを出さないよう、自身が「どちらの航空会社から発券・購入したか」を出発前に手元の案内メール等で確認しておくことがトラブル防止の鍵となります。
