物語の集大成となった最終章「銀ノ魂篇」は、地球のアルタナを狙う宇宙海賊「春雨」や天導衆、そして不老不死の存在である虚（うつろ）との全面戦争から幕を開けます。江戸の住人、真選組、御庭番衆、かぶき町の住人たち総出の防衛戦が繰り広げられる中、坂田銀時、桂小太郎、高杉晋助、坂本辰馬の「松下村塾」および攘夷四天王が再び同じ戦場に集結しました。
かつて松下村塾で共に学んだ師・吉田松陽の別人格である虚は、自らの永遠の生を終わらせるために全宇宙を巻き込む自爆を目論んでいました。激闘の末、松陽の意識を取り戻した虚は、自らアルタナの穴へと身を投げて地球を救います。しかし、戦いはそこで終わりませんでした。
終戦から2年後、生き延びていた虚の心臓（アルタナの結晶）を巡る争乱が勃発します。銀時は松陽の真の救済を求めて単身で旅に出ており、新八は江戸で一人「万事屋」の看板を守り、神楽は自身の肉体を自在に変化させる秘術を求め宇宙へ旅立っていました。再び江戸に集った万事屋の3人と仲間たちは、再臨した虚の肉体を完全に消滅させ、師の魂を解き放つための最終決戦へ突入していきました。
