JR野田駅の駅舎は高架構造になっており、改札口は1階、プラットホーム（島式1面2線）は2階に配置されています。
移動の円滑化に向けたバリアフリー化が進んでおり、改札内コンコースからホーム階を結ぶエレベーターが1基設置されています。車椅子利用者や大きなスーツケースを持つ旅行者、ベビーカー利用のファミリー層も段差なくホームへ上がれる構造です。エスカレーターも上り・下りともに整備されています。
手荷物を預けたい旅行者にとって気になるコインロッカーは、1階改札外のコンコース（きっぷうりば付近）に設置されています。設置口数は中規模程度ですが、巨大ターミナルである大阪駅周辺に比べると稼働率に余裕があり、午前中であれば空きが見つかりやすい穴場スポットとなっています。ユニバーサル・スタジオ・ジャパン（USJ）方面へ向かう前に荷物を預けたい場合にも重宝します。
