湖西線は、山科駅（起点）から近江塩津駅（終点）までの全長約74.1kmを結ぶ全線複線・高架主体の高規格路線です。全21駅の停車パターンは以下の通り整理されています。
【普通列車】
山科〜近江塩津間の全駅に停車（山科、大津京、唐崎、比叡山坂本、おごと温泉、堅田、小野、和邇、蓬莱、志賀、比良、近江舞子、北小松、近江高島、安曇川、新旭、近江今津、近江中庄、マキノ、永原、近江塩津）。※全列車が山科から東海道本線（JR京都線・琵琶湖線）へ乗り入れて京都駅を発着します。
【新快速の停車駅】
京都、山科、大津京、比叡山坂本、おごと温泉、堅田、近江舞子、北小松、近江高島、安曇川、新旭、近江今津、近江中庄、マキノ、永原、近江塩津（近江舞子〜近江塩津間は各駅に停車）。唐崎、小野、和邇、蓬莱、志賀の各駅は通過するため、普通列車への乗り換えが必要です。
【特急サンダーバード】
大阪・新大阪・京都を出ると、湖西線内はほぼ全列車が通過し、敦賀へ直行します。朝夕の一部の便のみ堅田駅や近江今津駅に停車し、通勤利用や沿線観光客の利便性を確保しています。
