ポケモンリーグを制覇した後の世界こそ、リーフグリーンの本番といえます。カントー図鑑を60種類以上集めてオーキド博士に報告すると全国図鑑へバージョンアップされ、マサキから依頼される「ナナシマ（ネットワークマシン復旧）」クエストが本格始動します。
ナナシマ（1のしま〜7のしま）完全攻略手順
ネットワークマシンを復旧させ、ホウエン地方（ルビー・サファイア・エメラルド）との通信を可能にするには「ルビー」と「サファイア」の2つの宝石を見つけ出さなければなりません。
- 1のしま（ともしびやま）：山頂付近のロケット団員を倒し、奥の洞窟で「ルビー」を回収。
- 4のしま（いてのたきつぼ）：カンナの故郷。秘伝マシン07（たきのぼり）を入手し、ロケット団のアジト関連イベントを進行。
- 5のしま（ロケット団そうこ）：合言葉（2つ）が必要。6のしまのイベントを経由して突入し、幹部を壊滅させて「サファイア」を取り戻す。
- 6のしま（しるしのきあ）：「いあいぎり」で扉を開け、点字の謎を解いてサファイアの部屋へ。泥棒に奪われるイベントが発生。
- 7のしま（トレーナータワー・アスカナいせき）：やり込みバトル施設「トレーナータワー」が設置されているほか、遺跡の岩パズルを解くことで「アンノーン」が出現。
ルビーとサファイアをニシキに渡すと、四天王が大幅に強化（Lv.65〜72超、第2世代ポケモンを追加編成）され、最強のダンジョン「ハナダの洞窟」への立ち入りが許可されます。
