拾ったばかりの果肉（仮種皮）が付いた生銀杏は、強烈な悪臭を放つ酪酸やヘプタン酸を含んでいるため、保存前の正確な下処理が欠かせません。
果肉の除去は、水を入れたバケツに数日間浸けて果肉をふやかすか、ポリ袋の中で揉み洗いして種（殻）を取り出します。果肉に含まれるギンコール酸は重度の接触皮膚炎を引き起こすため、作業時は必ず厚手のゴム手袋を着用してください。取り出した殻は水洗いしたのち、風通しの良い日陰で2〜3日間しっかり乾燥させます。湿り気が残ったまま保存容器に入れると、数日で白カビや黒カビが発生する原因になります。
料理に使う際の銀杏の殻の剥き方は、専用のぎんなん割り器やペンチ、キッチンバサミの根元を使うのが安全です。殻の合わせ目（筋の通っている平たい稜線部分）を挟み、適度に力を加えると綺麗にヒビが入ります。叩き割る場合は金づちを使いますが、実を潰さないよう力加減に注意が必要です。
手軽に殻を外したい場合は銀杏のレンジ加熱方法が役立ちます。封筒などの紙袋に殻へ軽くヒビを入れた銀杏を10〜15粒ほど入れ、袋の口を2〜3回折り返します。電子レンジ（500W〜600W）で約40〜60秒加熱すると、「ポンポン」と殻が弾ける音がします。音が3回ほど鳴った段階で止めると、破裂による身崩れを防ぎながら、薄皮までツルンと剥ける状態に仕上がります。
