貝類の調理で多くの方が気にするのが「毒性のある部位」の存在です。巻貝の一部（ツブ貝など）にはテトラミンという神経毒を持つ唾液腺がありますが、サザエにはテトラミン等の有毒な唾液腺は存在しないため、重篤な食中毒を引き起こす毒性部位はありません。基本的には殻以外の大部分を食すことができます。
ただし、「食べられないわけではないが、取り除いたほうが美味しく食べられる部分」は存在します。代表的なのが、フタのすぐ下にある硬い「ビラビラ（ハカマ）」と呼ばれるヒダ部分や、口器（赤く硬い軟骨のような組織）です。これらは噛み切りにくく口当たりを損ねるため、気になる場合は下処理や切り分けの段階で取り除くと上品な仕上がりになります。
また、緑色や白っぽい色をした「肝（生殖巣）」の先端は濃厚な珍味ですが、海藻由来の苦味が強く凝縮されています。この苦味こそがつぼ焼きの醍醐味である一方、苦手な方は肝の先端を少しカットして身（筋肉部）を中心に味わうと食べやすくなります。
