キツネの生息地拡大に伴い、最も警戒しなければならない衛生上の問題が多包条虫（エキノコックス）です。エキノコックスはキツネやイヌを終宿主とし、野ネズミなどを中間宿主とする寄生虫で、人間がその虫卵を体内に取り込むと「エキノコックス症」という重篤な人獣共通感染症を引き起こします。
人間の体内に入った虫卵は主に肝臓に寄生し、数年から10年以上の長い潜伏期間を経て徐々に肝組織を破壊します。初期段階では自覚症状がほぼなく、進行すると肝機能障害、黄疸、腹痛、腹水などが現れ、重症化すれば死に至る恐れもあります。有効な特効薬に乏しく、治療は病巣の外科的手術による切除が基本となります。
かつては「北海道限定の風土病」と捉えられていましたが、近年では本州でも予断を許さない状況が続いています。特に愛知県知多半島周辺では、捕獲された野犬やホンドギツネからエキノコックスの陽性反応が継続的に確認され、自治体や獣医師会が警戒を強めています。ペットの犬を介して人間に感染するリスクや、物流資材・車両に紛れて北海道から侵入した可能性など複数の経路が議論されており、「本州だから安全」という過信は完全に通用しなくなっています。
