ネット上の考察記事やSNSなどで散見される誤解の一つに、「原作漫画のストーリーをそのままアニメ化した」という言説があります。しかしこれは明確な事実誤認です。
本作は臼井儀人氏による原作コミックス第11巻に収録されたエピソードを原案としていますが、「原作漫画ありの劇場用作品としてはシリーズ最終作」であり、その中身は驚くほど改変されています。原作者の許諾のもと、本郷みつる監督らが大幅な再構築を行いました。
最大の違いは「ジャンルの根本」です。原作漫画における『雲黒斎の野望』は、魔王が支配する異世界に迷い込み、魔法の力で変身して悪を倒すという、どちらかといえばファンタジー色の強いナンセンスギャグ短編でした。雲黒斎も単なるオカマ口調の魔王という記号的な造形です。
一方、劇場版ではこのファンタジー設定を根底から解体。魔力ではなく「未来の時間犯罪テクノロジー」、魔王ではなく「歴史を買い叩く犯罪シンジケート」、魔法の変身ではなく「ナノマシーンを応用した時空スーツ（フリータムスーツ）」という具合に、徹底して理系的なSF考証へ置き換えています。この大胆な換骨奪胎こそが、ギャグ漫画の短編を94分の重厚なシネマティック体験へと昇華させた決定的な勝因でした。
