荻生徂徠の思想を理解する最大の鍵は、「朱子学批判」と「古文辞学（蘐園学派）」の確立にあります。当時、幕府の正統教学とされていた朱子学は、「人の心の内面を正しく修養すれば、自然と天下は治まる（修身・斉家・治国・平天下）」という厳格な道徳主義・理気二元論をとっていました。
しかし徂徠は、この朱子学の姿勢を「個人の内面道徳と政治統治を混同した空論に過ぎない」と徹底的に弾劾しました。為政者がどれほど清廉潔白であっても、飢饉や経済混乱という現実の危機は解決できないと見抜いたのです。徂徠が打ち出した思想的特徴は主に以下の3点に集約されます。
- 古代中国の言語で聖人の教えを読み直す（古文辞学）：後世の儒学者が都合よく解釈した注釈書を捨て、先秦時代の生きた言語体系を用いて六経（古代の経典）を直接解釈する。
- 「道」は自然発生したものではなく人為的な制度である（作為論）：天下を治めるための「道」とは、古代の聖王（禹や湯王など）が民衆を安寧に導くために創り出した「礼楽刑政（礼儀・音楽・刑罰・行政組織）」という人為的システムであると定義。
- 政治と個人の内面道徳の分離：政治の目的は「個人の聖人化」ではなく「天下を安んじること（安民）」。内面の善悪ではなく、社会制度の設計と運用こそが統治の本質であると主張。
ここで重要なのが、先行する京都の儒学者・伊藤仁斎（古義学）との決定的な違いです。仁斎も朱子学の空理空論を批判し、孔子・孟子の原典回帰を唱えましたが、仁斎が重んじたのはあくまで人と人との倫理関係や「仁（まごころ）」の実践でした。これに対し徂徠は、仁斎の思想を「依然として個人の内面倫理に囚われている」と批判。孔子の教えの根源は倫理以前に古代の制度づくり（礼楽）にあるとし、倫理学から「政治学・制度論」へとパラダイムを完全に転換させました。
