ポケモンセンタースカイツリータウンを訪れる最大の動機となっているのが、店舗コンセプトと直結した特別な限定アイテム群です。店舗エントランスで圧倒的な存在感を放つメガレックウザ モニュメント（等身大スケールで宙を舞う姿は圧巻のフォトスポット）が示す通り、この店舗の主役は伝説のポケモン「レックウザ」と「ピカチュウ」のタッグにあります。
現地取材および商品展開の調査で確認された、注目の限定ラインナップは以下の通りです。
特に高い人気を維持しているのが、ピカチュウ スカイツリー限定のぬいぐるみシリーズです。緑のレックウザのポンチョをまとった姿に加え、色違いの「黒いレックウザ」のポンチョを着たピカチュウのマスコットは、国内外のコレクターから絶大な支持を集めています。スカイツリーのロゴやタワーモチーフをあしらったチャーム、限定文房具、プリントラングドシャなどの銘菓は、東京土産としての需要も極めて高くなっています。
なお、限定グッズ レックウザ関連商品は、新シリーズの投入や再販のタイミングで即日完売することも珍しくありません。店舗スタッフの証言によると、「朝一番の在庫補充後、昼過ぎには当日分の上限に達するアイテムもある」とのこと。お目当ての限定品がある場合は、午後の遅い時間帯を避けるのが鉄則です。
