「やみのいしの入手場所はどこか」という疑問に対し、最も広く知られている答えが「クノエシティ」です。しかし、ここに大きな落とし穴が存在します。クノエシティ北東の民家脇に佇むフレア団の元したっぱから譲り受けるイベントは、殿堂入り後（エンディング到達後）でなければ発生しない仕様になっています。
「ストーリー攻略の道中でギルガルドを使いたい」と願うトレーナーがクノエシティに到着しても、その時点では影も形もありません。そこで鍵を握るのが、下画面の機能を活用した裏スーパートレーニング（裏スパトレ）による複数入手ルートです。
裏スパトレはストーリーの進行度に関係なく、努力値（基礎ポイント）を最大値の510まで振り切った「まっさらではない、完全に育ちきったポケモン」を1体でも所持していれば挑戦権を得られます。通常ステージ全18種をクリアすることで裏ステージが解放され、特定のバルーンを撃破することで殿堂入り前であっても何個でも「やみのいし」を量産できます。クノエシティの1個はあくまで「クリア後の救済・ボーナス」に過ぎず、育成勢にとっての本番は下画面のアクションミニゲームにあります。
