『色づく世界の明日から』の主たる舞台は、長崎県長崎市です。異国情緒漂う洋館群や港を臨むすり鉢状の地形が、瞳美の心情の変化と見事にシンクロしながら描かれました。P.A.WORKSによる舞台探訪（聖地巡礼）作品の中でも、本作のロケーション選定は長崎特有の「傾斜」と「光の陰影」を巧みに生かしている点が際立っています。
色づく世界の明日から 聖地 長崎市の主要エリアは、大きく分けて以下の3つのゾーンで構成されています。
- 南山手・大浦エリア：祈念坂、大浦天主堂、グラバー通り、石橋停留場、グラバースカイロードなど、作中の日常シーンやキービジュアルの中核。
- 東山手・港湾エリア：長崎水辺の森公園、出雲近隣公園、鍋冠山公園など、瞳美と唯翔をはじめとする写真美術部のメンバーが心を通わせた情景の舞台。
- 郊外エリア：主人公たちが通う学校のモデルとなった長崎南高校（長崎市竿浦町）、および琥珀の実家「まほう屋」の外観・内部モデルとなった森の魔女カフェ（西海市）。
長崎電気軌道（路面電車）の石橋停留場を基点にすれば、市街地エリアの約8割を効率的に押さえることが可能です。ただし、画面上では平坦に見える路地も実際には急峻な石段であるケースが多いため、事前の空間把握が成否を分けます。
