モラージュ菖蒲の利用を計画する際、まず把握しておくべき基本原則は「平面駐車場と立体・屋上駐車場で開放時間が異なる」という点です。館内専門店の基本営業時間は午前10時00分から午後21時00分ですが、車はそれよりもかなり早い時間帯から受け入れ態勢に入っています。
現地警備および運営スケジュールによると、最も早くゲートが開くのは1階の平面駐車場です。特に109シネマズ菖蒲が入居する北側エリア周辺は、シネマコンプレックスの初回上映スケジュールに連動して朝7時30分〜8時00分頃から車両の受け入れを開始しています。一方で、立体駐車場(P2立体棟)や本館屋上駐車場は、事故防止や防犯上の観点から早朝時間帯は閉鎖されており、基本的には朝9時00分を目途に順次開放されるシフトが組まれています。
また、首都圏の大規模商業施設では珍しく、モラージュ菖蒲の駐車場は「終日完全無料」を貫いています。駐車券の発券ゲートや事前精算機、カメラによるナンバー認識精算といったシステムは導入されておらず、入庫から出庫までストレスなく利用可能です。時間制限による課金を一切気にせず滞在できる点は大きな強みですが、それゆえに休日は周辺道路からの流入が一極集中しやすいという構造的課題も抱えています。