pixivのメッセージ管理システムは、送信者と受信者が同一のログを参照しているのではなく、双方が独立したメッセージ履歴を保持する構造になっています。つまり、送信者が自分の受信トレイ・送信トレイ上でメッセージの履歴を削除したり非表示にしたりしても、相手側のサーバー領域に保存されたデータには一切影響を与えません。
具体的なメッセージ非表示のやり方としては、メッセージ一覧から該当するユーザーとのスレッドを選び、「削除」または「スレッドを削除」を実行します。これにより自分の管理画面は整理されスッキリしますが、相手側の画面を開けば、送信した文章や添付リンクはそのまま完全な形で残されています。「相手からも消えるはず」と思い込んで放置すると、思わぬ誤解やトラブルに発展しかねないため注意が必要です。