オープニング曲の華やかさの裏で、物語の陰影や登場人物の内面を深く掘り下げてきたのがナルト疾風伝エンディングと劇中挿入歌の存在です。
EDテーマには、吉井和哉氏の『バッカ』、supercellの『うたかた花火』、山猿の『風』、石崎ひゅーい氏の『ピノとジュリエット』、HoneyWorksプロデュースによるsanaの『言葉のいらない約束』など、叙情性に満ちた名曲が揃っています。特に激しい戦闘が終わり、夕暮れや夜の静寂の中で流れるEDは、戦いに身を投じる忍たちの哀愁や、帰るべき場所への思慕を優しく包み込みました。
さらに見逃せないのが、増田俊郎氏（少年編）や高梨康治氏率いる「刃-yaiba-」（疾風伝）が手掛けた劇伴・挿入歌の数々です。
- 『哀と愁 (Sadness and Sorrow)』：ナルトが公園のブランコに一人座るシーンや、白（ハク）と再不斬の散り際などで流れるピアノと尺八の名曲。孤独の痛みを表現した旋律として、YouTube等でも無数のカバー動画が制作されています。
- 『動天 (Departure to the Front Lines)』：ヘヴィなディストーションギターと和太鼓が炸裂する疾風伝の戦闘テーマ。絶体絶命の危機にナルトや仲間が駆けつける瞬間、圧倒的な高揚感をもたらします。
- 『五月雨 (Samidare)』：自来也の決意やイタチの真実など、運命を受け入れる瞬間に寄り添う、静謐で切ないストリングス主体の名曲です。
