客室は、機能的で使い勝手の良いスタンダードなスーペリアルーム（約21〜25平米）から、ゆったり寛げるデラックスルームまで幅広く用意されています。中でも特別なホテルステイを求める旅行者に選ばれているのが、高層階に位置するメルキュールホテル札幌のプリビレッジルームです。
プリビレッジルームの宿泊者には、専用の上質なバスローブやアップグレードされたバスアメニティ、客室内のネスプレッソマシン、無料ミニバー（ソフトドリンク）など、ワンランク上の充実した特典が提供されます。赤と黒を基調にしたスタイリッシュな客室は、大人の隠れ家のような贅沢な雰囲気を演出しています。
滞在の快適さを左右するアメニティやパジャマの仕様も細部まで行き届いています。ナイトウェアは肌触りの良い上下セパレートタイプのパジャマが標準装備されており、リラックスして就寝できます。歯ブラシやスキンケアなどのアメニティ類も清潔感のあるパッケージで揃えられています。
気になる館内のタバコ事情については、快適な空気環境を守るため全室禁煙化が基本となっています。ただし、愛煙家の利便性にも配慮し、館内フロアに専用の喫煙ブースが設置されているほか、プランによって喫煙可能な部屋が用意されている場合もあります。喫煙希望の方は予約時の確認をおすすめします。
