保護者や志願者にとって最も切実な問題が、4年制または2年制で必要となる学費負担です。高度な実習機器や多数の実習車（レクサス、クラウン、MIRAI、bZ4Xなど）を揃えている関係上、年間の学費は初年度で約130万円〜150万円前後、4年間トータルでは500万円を超える投資が必要となります。
しかし、学費の額面だけで進学を断念する必要はありません。同校には充実した支援策が敷かれており、特に注目すべきがトヨタ神戸自動車大学校の学費免除や特待生制度です。入試時の筆記試験成績や調査書、面接評価が優秀な受験生を対象に、初年度授業料の一部（数十万円規模）が減免される特待生枠が設けられています。
さらに実質的な負担を極小化する仕組みとして、全国のトヨタ系販売会社が展開する「ディーラー奨学金（メカニック育成奨学制度）」の活用が挙げられます。これは在学中の学費を販売会社が貸与し、卒業後にその販社で一定年数（一般的に4〜5年程度）勤務することで返還が全額免除される仕組みです。この制度を利用して「実質学費自己負担ゼロ」で国家資格を取得し、そのまま現場の第一線へ進む学生が少なくありません。
遠方からの進学者が気になるトヨタ神戸自動車大学校の学生寮の費用についても、極めて現実的な水準に設定されています。学内敷地内および近隣に専用の学生寮が整備されており、月々の寮費は食費（朝・夕2食付き）を含めても約5万円〜7万円前後に抑えられています。神戸市垂水区という閑静な住環境でありながら、民間アパートで一人暮らしをする場合と比較して生活費を月額4〜6万円以上圧縮できる計算です。
