横浜駅は巨大ターミナルゆえに迷いやすい構造をしていますが、横浜ベイクォーターへのアクセス経路はコツさえ掴めば極めてシンプルです。
最速ルートは「横浜駅きた東口A」からの直通アクセスです。改札を出て「ベイクォーターウォーク」を進めば、徒歩約3分で信号に捕まることなく館内へ到着します。雨天時でも屋根付きの専用通路を通るため、傘を差す必要がほとんどありません。
また、東口のそごう横浜店3階連絡通路（ポルタ経由）およびポートサイド歩道橋を経由するルートも便利です。百貨店での買い物を楽しんだ後にスムーズに回遊できる動線が確保されています。
車でのアクセスに関しても、タイムズが運営する約730台収容の大規模地下駐車場を完備しています。駐車場料金と割引サービスについては、各店舗での利用金額（1店舗あたり税込3,000円以上で1時間無料など）に応じた合算優待が適用されるため、ランチとショッピングを組み合わせることで賢く割引を受けることができます。
さらに、館内にはシーバス（水上バス）乗り場が直結しており、みなとみらい（ハンマーヘッド、赤レンガ倉庫）や山下公園方面へ海からのアクセスも可能です。移動自体を観光アクティビティとして楽しめる点も、同施設ならではのユニークな利点と言えます。
