インフルエンザや水痘（水ぼうそう）と異なり、手足口病は学校保健安全法において「明確に出席停止期間が定められた感染症（第2種）」には指定されていません。これには感染症学上の明確な理由が存在します。
厚生労働省が公表している厚生労働省 保育所における感染症対策ガイドラインによると、手足口病の原因となるエンテロウイルスやコクサッキーウイルスは、症状が治まった後も便から2〜4週間、気道から1〜2週間にわたってウイルスが排出され続けるという特徴を持っています。そのため、発疹が完全に消えるまで登園を停止させても、集団内での完全な感染遮断は現実的に不可能です。これが手足口病 登園停止 理由として一律の隔離を行わない科学的根拠です。
ガイドライン上の標準的な登園基準は「発熱や口腔内の水疱・潰瘍の影響がなく、普段の食事がとれること」と明記されています。しかし、現場の手足口病 保育園 ガイドラインや園の裁量によっては、「解熱後48時間経過後」や「医師の診断書の提出」を独自の内規として定めている施設も存在するため、事前に通っている園のしおりを確認することがトラブル回避の鉄則です。
