消化器外科は、食道から胃、小腸、大腸、肛門に至る消化管全般に加え、肝臓、胆嚢、膵臓といった実質臓器の疾患に対して外科的手術を中心とした治療を行う専門診療科です。
消化器内科との違いに迷う場面は多いですが、境界線は明確に整理されています。消化器内科は問診、血液検査、消化管内視鏡（胃カメラ・大腸カメラ）などを駆使して病気を診断し、投薬管理や内視鏡によるポリープ切除など身体への侵襲を最小限に抑えた治療を担当します。一方、病変が進行して内科的処置では取り切れない場合や、腸閉塞や臓器破裂など物理的な修復が必要な局面で出番となるのが消化器外科です。
自覚症状から受診先を判断する場合、慢性的な胃もたれや胸やけ、便通異常などはまず消化器内科が適しています。しかし、急激に発症した激痛や高熱を伴う腹痛、あるいは検査で手術が必要ながんや胆石が確定している状況では、最初から消化器外科への紹介・受診が検討されます。
