入館料の手頃さは、全国の水族館と比較しても際立っています。一般入館料は一般（高校生以上）700円、小中学生300円、未就学児は無料に設定されています。
さらに頻繁に訪れる機会がある方にとって驚異的なコストパフォーマンスを誇るのが年間パスポート（大人1,400円、小中学生600円）です。わずか2回の来館で元が取れる価格設定となっており、地元住民や福島エリアのリピーターから絶大な支持を得ています。
割引クーポンの利用手段としては、JAF会員証の提示優待（入館料割引）や、本館「アクアマリンふくしま」の年間パスポート所持者に対する割引特典が用意されています。チケット購入前に提示条件を確認しておくことで、よりお得に入館できます。
