エヴァコラボの象徴とも言える特殊能力が「使徒キラー」です。この能力を持つキャラクターは、コラボ限定ステージに登場する「使徒」属性の敵に対して、与えるダメージが5倍（第3形態等はさらに倍増）になり、受けるダメージが5分の1（80%カット）という驚異的な補正を受けます。
コラボ期間中に開催される「エヴァ強襲」や「使徒襲来」の高レベルステージでは、ボスの攻撃力と体力が天文学的な数値に跳ね上がります。通常キャラクターでは一撃で蒸発する過酷な戦場であっても、使徒キラー持ちのユニットを前線に投入するだけで、ボスの攻撃を余裕で耐え忍びながらミリ単位でゲージを削り取ることが可能です。
また、ステージクリアや期間限定ログインボーナスで配布される「ちびシンジ」や各種支援ユニットも、使徒キラーコンボの発動要員として機能します。無課金プレイヤーであっても、ログボ報酬の取りこぼしを防ぎ、配布キャラをしっかり育成することで、強襲ステージの重要報酬（キャッツアイやレアチケット）を効率よく回収する道筋が確立されています。
