宿泊客の満足度を大きく左右する食事面において、湯元 啄木亭のバイキングは高い支持を集めています。夕食・朝食ともに、北海道ならではの海の幸・山の幸をふんだんに取り入れたメニュー構成が特徴です。
夕食バイキングでは、職人が目の前で焼き上げるステーキや揚げたての天ぷら、函館名物の新鮮な刺身や郷土料理がライブキッチン形式で提供されます。季節ごとにテーマが変わるフェアメニューも用意されており、何度訪れても新しい味覚に出会える工夫が施されています。
朝食バイキングでは、炊きたての道産米とともに楽しむイカの塩辛や松前漬けなどのご飯のお供、焼き魚、出汁巻き卵など、北海道の朝らしい滋味あふれる品々が並びます。利用者の口コミでは「朝から海鮮や函館グルメを贅沢に味わえる」「品数が多く子供からシニアまで全員が満足できた」といった声が目立ちます。