妖怪ウォッチ2は『元祖』『本家』、そしてマイナーチェンジ版である『真打』の3バージョンが展開されています。5つ星コインやスペシャルコインを使用する際、どのバージョンでプレイしているかによって戦略が変化します。
- 連動ダンジョンの存在：元祖と本家、あるいは真打を連動させることで出現する「あやかし通り」などの特別ダンジョンでは、限定ボスの撃破報酬として追加のレアコインや特別な妖怪が入手可能です。
- 真打における引き継ぎ時の挙動：元祖・本家から真打へとセーブデータを引き継ぐ際、消費済みのQRコードフラグやガシャの進行テーブルもそのまま引き継がれます。「真打に引き継いだら同じQRコードをもう一度読める」という現象は発生しないため、引き継ぎ前のコイン消化計画が重要となります。
- 限定妖怪の棲み分け：ミツマタノヅチ（元祖限定）やツチノコパンダ、各種本家限定妖怪など、コインガシャ以外での出現妖怪に差があるため、手持ちの5つ星コインで狙うべき役割（壁役、術役、回復役）の優先順位をバージョンごとに組み立てる必要があります。
